El 22 de febrero de 1892, el entonces Director General de Paseos Públicos de la Capital, el arquitecto paisajista Don Carlos Thays, elevó al Intendente Municipal, Don Francisco Bollini, un proyecto donde exponía la necesidad de la creación de un Jardín Botánico.
El Jardín se abrió al público seis años después, el 7 de setiembre de 1898.
Durante la gestión del Ingeniero Agrónomo Benito Carrasco, quien sucedió a Thays (1914 - 1918), se incorpora al Jardín la Escuela de Jardineros, la Biblioteca especializada en temas Botánicos y el Gabinete de Fotografía.
En el año 1996 por Decreto Nacional Nº 366 se declara al Jardín “Monumento Histórico Nacional”.
