Den 3:e april 1905 möttes fem unga italienska emigranter (Esteban Baglietto, Alfredo Scarpatti, Santiago Sana och bröderna Juan and Teodoro Farenga) i La Boca för att grunda en fotbollsklubb. Klubben fick namnet CA Boca Juniors efter stadsdelen. Ordet "Juniors" lades till för att ge en engelsk klang och prestige åt laget från det fattiga södra Buenos Aires. CA är en spansk förkortning för Club Atlético (ungefär idrottsklubb).
Boca Juniors spelade i lokala ligor och amatlörligans andra division tills de avancerade till den första divisionen år 1913, då den första divisionen expanderade från 6 lag till 15. Boca blev aldrig degraderat; de vann sex amatörmästerskap (1919, 1920, 1923, 1924, 1926, and 1930). Efter introduktionen av professionalismen i Argentina, vann Boca sin första titel år 1931. Med undantag av ett relativt svagt 1980-taletl med bara en ligatitel har föreningen varit en av argentinsk fotbolls dominerande klubbar, ständigt utmanad av rivalen CA River Plate. Mötena med River Plate kallas för El Clásico.
Under de första åren spelade klubben i flera olika dräkter, bland annat rosa och vit/svartrandigt. Legenden säger, att år 1906 spelade Boca mot ett annat lag som använde samma färger. Då bestämde de vem som skulle få behålla dem. Boca förlorade, och bestämde sig för att använda färgerna som fanns på nästa båt som kom inseglande i hamnen. Eftersom båten var från Sverige, togs gult och blått som lagets nya färger. Den första versionen var med ett gult diagonalt band, vilken senare ersattes av ett horisontellt band.