El 3 de abril de 1905, cinco inmigrantes italianos se reunieron en la Plaza Solís, ubicada en el corazón de La Boca, un barrio de Buenos Aires. Eran Esteban Baglietto, Alfredo Scarpatti, Santiago Sana, y los hermanos Juan y Teodoro Farenga que fundaron Boca Juniors. El club se llamó Boca debido a la localidad del lugar y la palabra "Juniors " se añadió sólo para darle un toque inglés y agregar prestigio al equipo del sur de Buenos Aires.
Boca Juniors jugó en las ligas locales de la segunda división (aficionados) hasta ser promovido a la primera división en 1913, cuando la división fue ampliada de seis equipos a 15. Boca nunca fue relegada; ganaron seis campeonatos de aficionados (1919, 1920, 1923, 1924, 1926, y 1930). Con la introducción del profesionalismo en la Argentina, Boca ganó el primer título en 1931. Excepto en los relativamente débiles años 90, con sólo un título de la liga, el club ha estado dominando el fútbol Argentino, permanentemente desafiado por su rival CA River Plate. Los encuentros con River Plate son llamados "El Clásico".
El color de la camiseta original era rosado, que fue rápidamente abandonado por una de delgadas rayas verticales en blanco y negro. La leyenda dice que, en 1906, Boca jugó con otro equipo que usó estos mismos colores. Entonces decidieron quién conseguiría guardarlos. Boca perdió, y decidió adoptar los colores de la bandera del primer barco que navegara luego por el puerto de la Boca. Debido a que el barco era de Suecia, fueron adoptados, como los nuevos colores del equipo, el amarillo y el azul. La primera versión tenía una cinta diagonal amarilla, que luego fue reemplazada por una horizontal.